身为黑衣组织一员的科学家宫野志保(代号雪莉),开发出了神秘的毒药APTX4869。那就是让工藤新一变小的药!但是,黑衣组织杀了她的姊姊明美,因此雪莉决定背叛组织,自己也吞下了APTX4869。服药后身体缩小的她,化名为灰原哀,隐藏起真实身分。虽然只有一点点,但黑衣组织确实在她的心里蒙上了一层阴影。 糟糕的是,她再次与黑衣组织的干部‧琴酒打照面,面临性命危急的「与黑衣组织的再会」;在碰上巴士挟持事件的车上,感受到组织成员气息,有着赴死决心的「神秘乘客」;以及故事的最高潮,在豪华列车内,被逼到惊险绝境的「漆黑的神秘列车」。在与苦艾酒以及波本直接对决中败阵的灰原,按照组织所计划的,被卷入货车厢的爆炸中,被认为已丧命的她却…… 以电视动画漆黑的神秘列车为主轴,将灰原哀过去的故事,以全新画面重新编辑而成的特别编辑版登场!