告别了红豆杉博士,小智一行人搭上前往桧扇市的邮轮,前往桧扇市的途中,邮轮经过一座有著破旧实验室的岛屿,天桐指出是不知道在研究什么的P2实验室。 停靠补给期间,小智和皮卡丘在船边嬉闹著,发现有一位青年站在码头上看著他们,随后不见踪影。 小智跟艾莉丝来到游轮上的对战场地准备训练一番时,发现那位青年也上了这艘邮轮,通过聊天得知青年的名字叫做N,并且可以听见宝可梦的心声。 N在聊天中说起合众的传说和他的梦想,饱含热情的极快语速让小智等人瞠目结舌,可是在知道小智的心愿是成为宝可梦大师时显得很不高兴,留下了小智等人离开现场。 在下午的对战训练中,艾莉丝的牙牙受到火箭队的诱饵吸引,皮卡丘为了寻找牙牙而被捕获……!?